Cerita ini bermula ketika seorang ninja kecil dari klan Iga bernama Kanzo Hattori pindah ke kota untuk melanjutkan latihannya. Ia kemudian tinggal bersama keluarga Kenichi Mitsuba, seorang anak SD biasa yang kurang percaya diri, tidak pandai olahraga, dan sering kali merasa malas—mirip seperti Nobita, namun Hattori hadir bukan dengan alat canggih, melainkan dengan keahlian Ninjutsu (jurus ninja).
Hattori bukan sekadar tamu, ia menjadi pelindung dan saudara bagi Kenichi. Setiap kali Kenichi mendapat masalah atau diganggu oleh rivalnya, Hattori selalu siap membantu dengan disiplin tinggi dan jurus-jurus rahasianya.
Keunikan dari serial ini adalah bagaimana Hattori mencoba menerapkan aturan kode etik ninja yang ketat di tengah kehidupan modern yang santai. Ia sangat patuh pada aturan, selalu menggunakan kata penutup "Ninfu" (atau "Nin-Nin") di setiap kalimatnya, dan memiliki satu kelemahan besar: sangat takut pada katak.